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Pipeline-Automatisierung

Unterstützung bei Coding-Best-Practices, Strukturierung wiederverwendbarer Skripte, Unit-Testing, Dependency-Management und Tool-Auswahl in Python, R und Matlab.

30+ Projektbeispiele
7 Forschungsphasen abgedeckt
Neurowissenschaftsfokussierte Lösungen
Unmittelbare Wirkung
Pipeline-Automatisierung

Projektbeispiele Programmierung

Reale Herausforderungen und kollaborative Lösungen aus neurowissenschaftlichen Forschungslaboren. Jedes Projekt demonstriert gezielte Expertise in der Praxis.

Covering all research stages:   Data Analysis Data Processing Data Acquisition Publication Training

Modularisierung einer Matlab-Toolbox
Data Analysis

Unterstützung eines Nutzers beim Aufteilen eines monolithischen Analyseskripts in wiederverwendbare, testbare Funktionen innerhalb eines einzigen Toolbox-Ordners.

Conda-Umgebungen für Reproduzierbarkeit
Data Processing

Anleitung einer Gruppe zur Definition von `environment.yml`-Dateien für jedes Projekt, um Python-Abhängigkeiten fixiert und teilbar zu halten.

Unit-Testing in R mit `testthat`
Data Analysis

Unterstützung eines Labors bei der Einführung von grundlegendem Unit-Testing in R zur schrittweisen Validierung ihrer statistischen Pipeline.

Profiling von langsamem Python-Code
Data Processing

Verwendung von `line_profiler` und `memory_profiler` zur Identifizierung von Engpässen in einem Skript, das Bilddaten zu langsam verarbeitete.

Zusammenführung geforkerter Codebasen
Data Processing

Ein Nutzer hatte mehrere Versionen eines einzelnen Tools und benötigte Hilfe, sie in ein getestetes Repository zu vereinen.

Testen einer Klassifikations-Bibliothek
Data Analysis

Aufteilen eines einzelnen Klassifikationsskripts in kleinere Module, jedes mit Unit-Tests für Regressionsprüfungen.

Inscopix-Datenextraktion

Migration von Matlab zu Python
Data Processing

Unterstützung eines Teams beim Umzug ihrer Verhaltensanalyse-Pipeline von Matlab zu Python, Ersetzung von Schlüsselfunktionen durch NumPy- und SciPy-Äquivalente.

Container-Registry-Einrichtung
Data Processing

Ein Nutzer bat um Anleitung zum Hosten einer Container-Registry für laborspezifische Images, um sicherzustellen, dass jede Pipeline-Version fixiert ist.

Debugging von Index-Fehlern in R
Data Analysis

Zusammenarbeit mit einem Forscher zur Fehlersuche bei NA-Handling und Out-of-Bounds-Indexierung in einem gemischten Dataframe-Manipulationsskript.

Lokale Parallelverarbeitung
Data Analysis

Ein Nutzer wollte Multi-Core-Verarbeitung auf einem Desktop nutzen, um die Datenbereinigungszeit von Stunden auf Minuten zu reduzieren.

Eins-zu-eins Debug-Coaching
Data Processing

Durchführung von Pair-Debugging-Sitzungen für einen Nutzer, der auf persistente Index-Fehler in seinem Vorverarbeitungsschritt stieß.

Dockerisierung einer Python-2.7-Analyse
Data Processing

Eine Gruppe musste eine ältere Codebasis in einem Container pflegen, um sie einfach unter Mitarbeitern zu teilen.

Automatische QA-Prüfungen
Data Processing

Eine Pipeline, die neu eingetroffene Daten auf Anomalien scannt, Zusammenfassungsplots generiert und fehlende Metadaten markiert.

Property-Based Testing für Datei-Parser
Data Acquisition

Ein Nutzer verwendete property-basierte Tests, um sicherzustellen, dass beim Lesen eines Nischen-Dateiformats keine Daten beschädigt wurden.

Parallele Beschleunigungen auf dem Desktop
Data Processing

Das lokale Skript eines Nutzers benötigte Stunden zum Ausführen, daher führten wir Multiprocessing ein, um die Iteration zu beschleunigen.

Überarbeitung der Dateinamengebung
Data Acquisition

Ein Nutzer migrierte Daten aus mehreren Laboren und benötigte ein einheitliches Benennungsformat zur Vereinheitlichung hunderter Rohdateien.

Verpackung einer Python-Toolbox
Data Analysis

Umwandlung einer Sammlung lokaler Skripte in eine pip-installierbare Bibliothek mit setup.py zur einfachen Verteilung.

Verwendung von Git für Matlab-Projekte
Data Processing

Durchführung eines Git-Workshops für Matlab-Nutzer, um ihnen den Einstieg in die Versionskontrolle für gemeinsame Funktionsordner und GUIs zu ermöglichen.

Code-Reviews für Studentenprojekte
Publication

Unterstützung bei der Überprüfung von MSc-Level-Python-Code auf Klarheit, Modularität und Dokumentation vor der finalen Einreichung.

Verwendung von Virtualenv in Python
Data Processing

Unterrichtung eines Postdocs, wie Python-Umgebungen ohne Admin-Zugriff isoliert werden, unter Verwendung von `venv` und `pip-tools`.

Matlab-Funktions-Refaktorierung
Data Processing

Zusammenarbeit mit einem Labor zur Refaktorierung tief verschachtelter Matlab-Skripte in testbare Funktionen und Entfernung hart codierter Pfade.

Einführung in Python-Klassendesign
Data Analysis

Einführung eines R-geschulten Forschers in grundlegendes OOP in Python zur besseren Verwaltung ihrer wachsenden Analyseskripte.

Automatisierte Dokumentation in R
Data Analysis

Anleitung eines Nutzers durch die Verwendung von `roxygen2` zur Dokumentation von R-Funktionen für konsistente interne Nutzung.

Verpackung von Matlab-Code zum Teilen
Data Processing

Demonstration für ein Team, wie ihre Matlab-GUI und Abhängigkeiten verpackt werden, damit Mitarbeiter sie mit minimalem Aufwand installieren können.

Jupyter-Notebooks als Lehrwerkzeuge
Training

Unterstützung eines Dozenten bei der Umstrukturierung einer Lektion zur Verwendung von Notebooks mit eingebetteten Erklärungen, Übungen und Autograding.

CI-Testing für eine Python-Pipeline
Data Processing

Unterstützung einer Gruppe bei der Einrichtung von GitHub Actions zum automatischen Ausführen von Tests bei Push und PRs für eine gemeinsame Codebasis.

Skript-Vorlagen für neue Experimente
Data Acquisition

Bereitstellung von Starter-Vorlagen in Python und R zum Laden von Daten, Protokollieren von Schritten und Speichern von Ergebnissen in konsistenten Ordnern.

Wechsel zu VSCode von Matlab-IDE
Data Processing

Unterstützung eines Nutzers bei der Anpassung seines Workflows an VSCode für Python- und Matlab-Entwicklung mit Linting und Git-Unterstützung.

Crashkurs: R-Markdown-Berichte
Publication

Durchführung eines 90-minütigen Durchgangs zur Kombination von Code und Erzählung für reproduzierbare Berichte in R Markdown.

MATLAB-zu-Python-Konvertierung
Publication

Übersetzung älterer Abbildungsgenerierungs-Skripte in Python unter Beibehaltung exakter Visuals.

Ausführliche Code-Reviews
Data Processing

Durchführung von Pair-Programming-Sitzungen zur Durchsetzung konsistenten Stils, Docstrings und typisierter Funktionssignaturen.

Übersetzung in ein neues Framework
Data Analysis

Schrittweise Anleitung eines Nutzers bei der Einführung einer neuen Open-Source-Bibliothek für Spike-Sortierung.

Vereinheitlichung von Daten-Scripting-Ansätzen
Data Analysis

Unterstützung einer Gruppe neuer Doktoranden bei der Einführung konsistenter Codierungsmuster, damit sie Code nahtlos teilen können.

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Warum Programmierqualität in der Forschung zählt

Forschungscode ist Infrastruktur. Er ist nicht nur ein Mittel zum Zweck – er ist das Fundament, auf dem Ihre Analysen ruhen, die Brücke zwischen Rohdaten und wissenschaftlicher Erkenntnis, und zunehmend eine Anforderung für reproduzierbare Wissenschaft. Dennoch wird Forschungsprogrammierung oft informell gelernt, unter Zeitdruck geschrieben und als sekundär zur “echten” Forschung behandelt. Das Ergebnis ist Code, der einmal funktioniert, aber bei kleineren Änderungen bricht, Analyseskripte, die nur eine Person versteht, und technische Schulden, die sich ansammeln, bis sie zu einem Hindernis für den Fortschritt werden.

Gute Programmierpraktiken geht es nicht um Perfektion oder Software-Engineering um seiner selbst willen. Es geht darum, Ihre Forschung zuverlässiger, Ihre Analysen vertrauenswürdiger und Ihre wissenschaftliche Arbeit nachhaltiger zu machen. Wenn Code gut strukturiert, getestet und dokumentiert ist, wird alles einfacher: Kollaborationen laufen reibungslos, neue Studenten können schneller beitragen, Gutachter können Ihre Methoden verifizieren, und Sie verbringen weniger Zeit mit Debugging und mehr Zeit mit Wissenschaft.

Wie Programmierunterstützung aussieht

Forschungsprogrammierung umfasst ein breites Spektrum von Aktivitäten – vom Schreiben von Analyseskripten bis zum Aufbau von Datenverarbeitungs-Pipelines, vom Verwalten von Abhängigkeiten bis zum Sicherstellen, dass Code sechs Monate später auf die gleiche Weise läuft. Wir helfen Forschungsgruppen, Programmierpraktiken zu entwickeln, die ihrer Wissenschaft dienen, ohne dass sie zu Software-Ingenieuren werden müssen.

Unsere Programmierunterstützung konzentriert sich auf praktische, nachhaltige Verbesserungen:

Code-Struktur und Modularität: Wir helfen, monolithische Skripte in logische, wiederverwendbare Module mit klaren Ein- und Ausgaben zu transformieren. Dies könnte bedeuten, ein 2000-Zeilen-Analyseskript in testbare Funktionen aufzuteilen, eine Matlab-Toolbox so zu organisieren, dass Komponenten über Projekte hinweg wiederverwendet werden können, oder ein Python-Paket so zu strukturieren, dass es tatsächlich installierbar ist. Das Ziel ist Code, der leichter zu verstehen, zu modifizieren und zu warten ist – nicht nur für Sie, sondern auch für Mitarbeiter und zukünftige Teammitglieder.

Testing und Validierung: Forschungscode muss korrekt sein, aber woher wissen Sie das? Wir helfen Gruppen, Testpraktiken einzuführen, die für Forschungskontexte geeignet sind – Unit-Tests, die Regressionen erkennen, property-basierte Tests für Daten-Parser, Validierungsskripte, die Zwischenausgaben prüfen. Testing garantiert keine Korrektheit, aber es reduziert dramatisch die Chance, dass subtile Bugs sich in Ihre Ergebnisse ausbreiten.

Dependency-Management und Reproduzierbarkeit: “Es funktioniert auf meinem Rechner” ist nicht gut genug, wenn Mitarbeiter, Gutachter oder Ihr zukünftiges Ich Ihren Code ausführen müssen. Wir helfen, reproduzierbare Umgebungen mit Tools wie conda, virtualenv oder Docker zu etablieren – um sicherzustellen, dass Ihr Python/R/Matlab-Code auf verschiedenen Systemen gleich läuft und weiter funktioniert, selbst wenn sich Abhängigkeiten entwickeln.

Performance-Optimierung: Forschungscode beginnt oft als Proof-of-Concept-Skripte, die schließlich echte Datensätze handhaben müssen. Wir helfen, Engpässe mit Profiling-Tools zu identifizieren, Berechnungen wo angemessen zu parallelisieren und Algorithmen zu optimieren, ohne die Lesbarkeit zu opfern. Manchmal ist die Lösung bessere Algorithmen; manchmal ist es einfach die Verwendung der richtigen Bibliotheksfunktionen.

Tool-Auswahl und Migration: Das Forschungssoftware-Ökosystem ist riesig, und die Wahl der richtigen Tools zählt. Wir helfen, Optionen für spezifische Bedürfnisse zu bewerten, Migrationen von proprietären zu Open-Source-Tools zu leiten (wie Matlab zu Python) und die Einführung gut gepflegter Bibliotheken zu unterstützen, die komplexe Aufgaben besser als Custom-Code handhaben.

Code-Review und Pair-Programming: Manchmal ist die wertvollste Hilfe ein zweites Paar Augen. Wir führen Code-Reviews durch, die sich auf Klarheit, Korrektheit und Wartbarkeit konzentrieren – nicht auf Kleinigkeiten beim Stil. Pair-Programming-Sitzungen lassen Sie Praktiken direkt lernen, während Sie echte Probleme in Ihrer Codebasis lösen.

Warum externe Programmierunterstützung hilft

Forschungsgruppen stehen vor einer grundlegenden Spannung: Programmierung ist wesentliche Infrastruktur, aber die meisten Forscher sind als Domänenwissenschaftler ausgebildet, nicht als Softwareentwickler. Doktoranden und Postdocs lernen Programmierfähigkeiten im laufenden Betrieb, oft indem sie Muster kopieren, die sie anderswo gesehen haben, ohne zu verstehen, warum sie funktionieren (oder nicht). Zeitdruck ermutigt “einfach zum Laufen bringen”-Ansätze, die technische Schulden schaffen.

Jemanden zu haben, der sich auf Programmierqualität konzentriert – der Forschungseinschränkungen versteht, aber auch weiß, wie guter Code aussieht, mit Best Practices aktuell bleibt und Zeit für die Verbesserung der Infrastruktur statt für den Sprung zur nächsten Deadline widmen kann – kann die Forschungsgeschwindigkeit und das Vertrauen in Ergebnisse einer Gruppe grundlegend verändern.

Wichtig ist, dass unser Ansatz den Wissenstransfer betont. Wir schreiben nicht Code für Sie und verschwinden; wir arbeiten an der Seite Ihres Teams, erklären Entscheidungen, demonstrieren Praktiken und stellen sicher, dass Ihre Gruppe Lösungen warten und erweitern kann, nachdem wir gegangen sind. Das Ziel ist es, Fähigkeiten aufzubauen, nicht Abhängigkeit.

Programmierung als Forschungsinfrastruktur

Gut geschriebener Forschungscode erhöht seinen Wert im Laufe der Zeit. Anfängliche Investitionen in Struktur, Testing und Dokumentation zahlen sich über mehrere Projekte, mehrere Studenten und mehrere Jahre aus. Code wird zu einem Asset, das die Zusammenarbeit eher fördert als behindert. Analysen werden zu etwas, das Sie mit Vertrauen in Reviews verteidigen und Jahre später für Follow-up-Arbeiten reproduzieren können.

Wir glauben, dass Forschungsgruppen profitieren, wenn Programmierung als eine Fähigkeit behandelt wird, die systematisch entwickelt werden sollte – nicht als etwas, das man allein unter Termindruck herausfinden muss. Ob Sie Analyseskripte refaktorieren, Versionskontrolle einführen, Tests implementieren oder zu nachhaltigeren Tools migrieren – wir sind hier, um Ihre Forschungsprogrammierung zuverlässiger, wartbarer und letztendlich unterstützender für gute Wissenschaft zu machen.

Lassen Sie uns zusammenarbeiten!

Nicholas A. Del Grosso
Nicholas A. Del Grosso

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